財務省は10月9日、財政制度等審議会財政制度分科会を開き、社会保障についての議論を行った。そのなかで、2019年10月の消費税10％への引き上げにともなう控除対象外消費税問題に関して、「医療保険制度内で対応する」という方針を示した。
本会合では、来年10月の消費税引き上げにおける、医療機関等が負担する仕入税額相当額についての対応にあたって、次の3点が改革の基本方針案として挙げられた。
① 医療保険制度内での対応とすること
② 総額において医療機関等が負担する仕入税額相当額の範囲内での対応とすること
③ 各科間、診療所・病院間（病院部門はさらに各類型〔特定機能病院など〕間）において、それぞれの仕入税額相当額の総額に基づき財源配分を行ったうえで、更に各類型のなかで看護配置基準別のデータも用いるなど、できる限り精緻な対応とすること
これに先立って、四病院団体協議会では9月7日、19年度税制改正に関する要望書を加藤勝信前厚生労働大臣に提出。控除対象外消費税問題の解消を最重要課題に位置づけ、「医療機関ごとに、社会保険診療報酬に上乗せしたとされる仕入税額相当額と医療機関の負担する仕入消費税額を比較し、申告による補てんの過不足に対応する新たな税制上の仕組みを創設していただきたい」と、診療報酬による補てんの過不足を税制で対応することを要望していた。
これを踏まえ厚労省でも、19年度税制改正で個別医療機関等の補てんの過不足について新たな措置を求めていた。
