政府は12月15日の臨時閣議で、２０２０年度第３次補正予算案を決定した。厚生労働省の追加額は４兆７３３０億円（うち一般会計３兆８１０億円、労働保険特別会計１兆３４２２億円、＊一般会計から労働保険特会への繰入により４１０３億円が重複）だった。
予算案の柱は、▽新型コロナウイルス感染症の拡大防止策（２兆５４８４億円）、▽ポストコロナに向けた経済構造の転換・好循環の実現（２兆１３１０億円）、▽防災・減災、国土強靭化の推進など安全・安心の確保（５３５億円）──の３項目だ。そのうち、「新型コロナウイルス感染症の拡大防止策」の内訳に関しては、次のとおりとなっている。
① さらなる感染拡大防止対策の支援
主に、「地域の医療提供体制を維持・確保するための医療機関等支援」として１兆９３７４億円を確保し、そのうち、１兆１７６３億円を「新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金による支援」が占めている。また、「医療・福祉事業者への資金繰り支援（１０３７億円）も盛り込まれた。
② 検査体制の充実、ワクチン接種体制等の整備
「ＰＣＲ検査および抗原検査等、検査体制のさらなる充実」として６７２億円を充てたほか、「ワクチン接種体制等の整備」が５７９８億円が計上されている。
③ 情報収集・分析体制等の整備
「ＨＥＲ─ＳＹＳ当感染症対策関係システムの運用・改修当」として１６１億円を充てている。
④ 国際保健等への貢献
「国際機関等を通じて国際貢献の推進」に１０５億円を充てた。
