日本病院会は８月９日、「令和７年度税制改正に関する要望」を厚生労働省に提出した。国税に関する日病の主な主張としては、①控除対象外消費税等を病院が負担しないように、税制上の措置を含めた抜本的な対応を行う、②持分のある医療法人に対する事業承継税制を整備する──の２つ。
控除対象外消費税に関しては、現行制度上、診療報酬等は非課税売上とされているため、材料仕入、委託費、設備投資等の仕入消費税の相当部分（控除対象外消費税等）は、医療機関が最終負担者となっている。
この控除対象外消費税等を診療報酬に完全に上乗せした場合、自己負担額や健康保険料などの国民負担が増加することになる。一方、診療報酬を課税化した場合も同様に国民負担増となるが、いずれを採用するかは、「公平性・中立性・簡便性から検討されるべき」と主張した。
また、持分あり医療法人の事業承継時の出資持分への税負担については、「医療法人総数５万８００５のうち、３万６８８４が持分あり」という事実を示し、地域医療を確保する観点から、「相続税・贈与税の納税猶予・免除を認める事業承継税制を適用すべき」と記載した。
そのほか、国税では、▽認定医療法人の相続税・贈与税の納税猶予等の特例措置について、期限内に移行手続が完了できなかった場合の再認定、▽医療機関の設備投資に係る税制の整備拡充、▽公的運営が担保された医療法人に対する寄附税制の整備、▽医療費控除制度の拡充──などが盛り込まれた。
